تكامل مباحث در اين مرحله ، به چند جهت است : جهت اول ايراد مباحث كاملا جديد كه در گذشته اصلا مطرح نبوده است . مانند بحث از سيرهء عقلا و متشرعه و طريق كاشفيت سيره و قوانين حاكم برآن با اسلوبى بديع و بيانى متين . و نيز طرح نظرية التعويض كه البته به مباحث رجالى بيشتر شبيه است تا مباحث اصولى . گرچه ريشه‌هاى اين بحث در نزد گذشتگان بوده است ، ولى به صورت مستقل و به بيان فنى براى اولين بار طرح شده است . جهت دوم تغيير مبانى مشهور در علم اصول با ارائهء دليل و برهان . مانند بحث از برائت عقليه و قاعدهء « قبح عقاب بلا بيان » كه به نظر ايشان بايد آن را تغيير داد و قاعده منجزيت احتمال و احتياط عقلى را جايگزين كرد . همچنين بحث از حكومت بعض اصول بر بعض ديگر در جايى كه متوافق در نتيجه باشند ؛ نظير حكومت استصحاب الطهارة بر قاعدة الطهاره ، يا حكومت اصل سببى بر اصل مسبّبى كه نتيجهء يكسان دارند و نظير حكومت امارات بر اصول كه در تمام اين موارد قول مشهور را ابطال كرده و مبناى جديدى قرار داده‌اند . همچنين است ابطال قول مشهور بر جريان اصالة الطهارة در ملاقى بعض اطراف شبههء محصوره و نيز بحث از وضع و ابراز نظريهء قرن اكيد . جهت سوم اصلاح و تعديل برخى از نظريات رايج در علم اصول . مانند بحث از حقيقت معانى حرفيه و بحث از طريق جمع بين حكم ظاهرى و واقعى . همهء اين جهات ، افزون بر طراحى خاصى كه در مباحث علمى ، خصوصا بحث ترتّب ، تزاحم و قاعدهء لا ضرر داشته‌اند ، اصول ايشان را داراى برجستگى فوق‌العاده و منحصربه‌فرد كرده است . نوآوريهاى ايشان در ترتيب مباحث اصولى ، چنان كه در دورهء حلقات علم اصول و نيز در تقريرات درس خارج منعكس است ، اهميت بسيارى دارد . ايشان معتقد بودند در ترتيب مباحث اصولى در گذشته ؛ نكات فنى كه به طبيعت حال تقديم بعض مباحث و تاخير بعض ديگر را مىطلبد ، رعايت نشده است . در دورهء حلقات آخرين دستاوردها و